Warhammer 40,000: Conquest introduit sept factions distinctes: Space Marines, Orks, Garde Impériale, Chaos, des Elfes Noirs, les Elfes et les Tau (cybers humanoïdes). Chacune de ces factions possède sa propre saveur et son style de jeu, et une roue d'alignement introduit la possibilité de former une alliance entre deux factions.

Au début du jeu, le secteur de Traxis s'ouvre devant vous, avec des planètes attendant le bruit des armées sur le chemin de la guerre. Chaque tour commence avec vous et votre adversaire se préparant au combat. Les Cartes planètes sont disposées en une rangée entre les joueurs au début du jeu, et la planète la plus éloignée à la gauche du joueur de départ est la première planète. Chaque tour, vous ou votre adversaire va se heurter à la première planète, et le vainqueur sera celui qui la capturera.

En effet la capture des planètes est votre but ultime. Certaines planètes possèdent des matériaux essentiels pour les armées du 41e millénaire. D'autres offrent des avantages stratégiques à ceux qui les détiennent, tandis que d'autres encore génèrent une grande richesse technologique. Chacune des cartes planète possède un ou plusieurs symboles dans le coin supérieur gauche,  désignant les actifs de cette planète. Ces symboles accordent pas de capacités en eux-mêmes, mais le premier joueur à gagner trois planètes partageant un symbole commun domine le secteur et gagne la partie.

Vos chefs de guerre ont des capacités spéciales, ils déterminent vos ressources de départ, la taille de la main, et incarne un élément essentiel de votre armée, de sorte que vous aurez envie de construire votre deck autour de votre chef de guerre afin de tirer pleinement parti de ses points forts - et palliers ses faiblesses ...vaincre le seigneur de guerre de l'adversaire est un autre chemin vers la victoire !