Les joueurs choisissent chacun leur couleur de maison et commencent à jouer. Chaque tour de jeu est divisé en quatre phases: la construction de nouveaux batiments, les Calamités, les cartes d'Aspect et la fin du tour. Pendant la phase de construction, chaque joueur reçoit une carte de construction lui indiquant quels édifices il pourra édifier durant ce tour.
Après que chaque joueur ait construit ses maisons, enclos, fours ou sanctuaires durant cette première phase, une des cartes de Calamité est jouée.
La stratégie principale dans Höyük tient principalement dans le choix de l'emplacement de construction des maisons. Vous pouvez au choix ajouter vos habitations à un quartier existant, ou bien ériger de nouveaux quartiers. Les cartes de Calamité ne ciblent jamais tous les quartiers à la fois, répartir ses familles entre plusieurs quartiers peut donc être un avantage. Cependant, les quartiers les plus gros rapportent plus de points en fin de partie.
Durant la troisième phase, les cartes d'Aspect sont jouées. Ces cartes sont utilisées de deux manières : pour collecter des points de victoire ou pour construire des édifices supplémentaires. Pour chaque quartier sur le plateau, le joueur ayant les familles possédant le plus d'enclos, de fours ou de sanctuaires recevra une carte d'un talon correspondant à chaque aspect. Ces cartes d'Aspect peuvent être au choix dépensées rapidement (pour récolter immédiatement leur bénéfice) ou accumulées (pour collecter plus de points en combinant des cartes d'Aspect similaires).

A la fin du tour les cartes d'Aspect utilisées sont replacées dans un de leurs talons et le Premier Joueur choisi quel sera son successeur au tour de jeu suivant.

Le jeu s'achève quand un des participant utilise sa 25e et dernière maison.Si vous attendez trop longtemps pour collecter vos points de victoire, soit une Calamité, ou la fin du jeu pourra vous empêcher de le faire. En fin de partie, quelques points de victoire supplémentaires sont attribués pour les familles les plus grandes du village et les cartes d'Aspects non jouées.