Arrakis est un monde désertique, apparemment mort et stérile, mais où se trouve la ressource la plus importante de la galaxie : l'épice. Sans épice, les voyages spatiaux sont impossibles, et les humains deviennent de petits groupes sur des planètes isolées. La noble Maison qui contrôle Arrakis et la production d'épice exerce un grand pouvoir. L'Empereur a donné Arrakis à la Maison Atreides, mais il a ensuite conspiré pour les remplacer par leurs anciens rivaux, la Maison Harkonnen. Le baron Harkonnen a écrasé les Atreides lors d'une attaque de trahison, et dirige désormais la planète d'une main de fer. Mais Paul et Jessica, héritiers de la Maison Atreides, sont en vie et montent une rébellion avec l'aide des redoutables Fremen, les mystérieux habitants des étendues arides d'Arrakis.

Une seule Maison sortira victorieuse de la lutte à venir, tandis que l'autre sera perdue dans les sables du désert. C'est dans cette sombre réalité que les joueurs seront plongés dans Dune : War for Arrakis.