Dans Nuns on the Run, la plupart des joueurs sont des novices désireux d’explorer secrètement la grande abbaye la nuit afin de réaliser leur « souhait secret ». Elles se faufilent dans les couloirs à la recherche de clés et de trésors. (Quels trésors un novice pourrait-il chercher ? Des biscuits interdits ? Un matelas moelleux ? ..