Prenant le rôle de leur tortue préférée ou le méchant ultime Shredder, les joueurs se battent à travers une série de missions de 60-90 minutes dans lequel ils développent les points forts de leurs caractères, leurs styles de combat, et les équipements de façon à créer un story arc durable. Les personnages favoris des fans comme Casey Jones et Alopex apparaissent tout au long des missions .